Método fenotípico automatizado versus método manual na identificação de microorganismos isolados de hemoculturas: desfechos clínicos e microbiológicos / Automated phenotypic method versus manual method in the identification of microorganisms isolated from blood cultures: clinical and microbiological outcomes

INTRODUÇÃO: A automação laboratorial é cada vez mais utilizada em microbiologia, no entanto, poucos estudos avaliam desfechos clínicos em comparação aos métodos tradicionais. No Brasil, nenhum estudo com esse objetivo foi detectado. OBJETIVO: Analisar os impactos clínicos e microbiológicos após implantação de método fenotípico automatizado em um serviço de microbiologia. MÉTODOS: Realizamos estudo observacional e retrospectivo no laboratório de microbiologia referente a exame de hemocultura de pacientes da Unidade de Terapia Intensiva (UTI). Os dados foram coletados de pacientes internados entre janeiro/2014 a dezembro/2015. Analisou-se o tempo de internação, número de terapias empíricas, óbitos e dados relacionados ao isolamento microbiológico. A amostra foi obtida por conveniência. Para a comparação entre os desfechos foram empregados os testes t de Student e Qui-quadrado de Pearson. O programa empregado foi o Stata release, versão 11, sendo considerados significativos valores de p<0,05. RESULTADOS: Foram avaliados 472 pacientes. Não houve redução na prescrição empírica de antimicrobianos (54,7% vs 45,3%; p=0,33), tempo de internação na UTI (14,5 dias vs 15,8 dias p=0,78) e na taxa de óbitos (54,4% vs 45,6%; p=0,36). Similarmente, o perfil de agentes isolados em ambos os métodos não parece ser discrepante, no entanto, houve um aumento de 44,7% no número de isolados microbianos (76 vs 110) com melhor caracterização dos mesmos. CONCLUSÃO: A automação do laboratório de microbiologia não impactou no tempo de internação, mortalidade na UTI e no número de terapias empíricas. No entanto, a identificação e o isolamento de microrganismos melhoraram.

INTRODUCTION: Automation is increasingly used in microbiology laboratory, however, few studies assessed clinical outcomes compared to traditional methods. In Brazil, no studies with this objective were detected. OBJECTIVE: To analyze the clinical and microbiological impacts after implantation of an automated phenotypic method in a microbiology service. METHODS: Observational and retrospective study carried out on the microbiology laboratory involving blood culture test from intensive care unit (ICU) patients. Data were collected from hospitalized patients between January 2014 and December 2015. The length of hospitalization, number of empirical therapies, deaths and information related to microbiological isolation were analyzed. The sample was obtained by convenience. Pearson's Chisquare and Student's t-tests were used to compare outcomes. The program used was the Stata release, version 11, being considered significant values of p<0.05. RESULTS: A total of 472 patients were evaluated. There was no reduction in the empirical prescription of antimicrobials (54.7% vs 45.3%; p=0.33), ICU stay (14.5 days vs 15.8 days; p=0.78) and mortality (54.4% vs 45.6%; p=0.36). Similarly, profile of isolated agents in both methods did not appear to be discrepant, however, there was an increase of 44.7% in the number of microbial isolates (76 vs 110) and a better characterization of them. CONCLUSION: The microbiology laboratory automation did not modify the length of stay, ICU mortality and the number of empirical therapies. However, identification and isolation of microorganisms was improved.

Evaluación de un sistema automatizado de siembra de orinas para urocultivos / Evaluation of an automated streaking system of urine samples for urine cultures

Introduction: Automated systems have simplified laboratory workflow, improved standardization, traceability and diminished human errors and workload. Although microbiology laboratories have little automation, in recent years new tools for automating pre analytical steps have appeared. Objectives: To assess the performance of an automated streaking machine for urine cultures and its agreement with the conventional manual plating method for semi quantitative colony counts. Materials and Methods: 495 urine samples for urinary culture were inoculated in CPS® agar using our standard protocol and the PREVI™ Isola. Rates of positivity, negativity, polymicrobial growth, bacterial species, colony counts and re-isolation requirements were compared. Results: Agreement was achieved in 98.97% of the positive/negative results, in 99.39% of the polymicrobial growth, 99.76% of bacterial species isolated and in 98.56 % of colony counts. The need for re-isolation of colonies decreased from 12.1% to 1.1% using the automated system. Discussion: PREVI™ Isola's performance was as expected, time saving and improving bacterial isolation. It represents a helpful tool for laboratory automation.

Introducción: Los sistemas automatizados han facilitado el flujo de trabajo, mejorado la estandarización, la trazabilidad, disminuido el error humano y la carga de trabajo en los laboratorios. A pesar de que la microbiología ha permanecido poco automatizada, en los últimos años han aparecido nuevas herramientas para la automatización de la etapa pre analítica. Objetivos: Evaluar el desempeño de un sistema automatizado de siembra de urocultivos y la concordancia con la siembra manual convencional en el recuento semicuantitativo de colonias. Materiales y Métodos: 495 muestras de orinas fueron sembradas según nuestro protocolo habitual y comparadas con las placas de CPS® obtenidas con PREVI™ Isola en cuanto a positividad/negatividad, muestras polimicrobianas, especies de bacterias aisladas, recuentos y necesidad de resembrar. Resultados: Hubo concordancia en 98,97% de los positivos y negativos, en 99,39% de las muestras polimicrobianas, en 99,76% de las especies aisladas y en 98,56% de los recuentos. La necesidad de resiembra disminuyo de 12,1% a un 1,1% usando este sistema automatizado. Discusión: El desempeño de PREVI™ Isola fue el esperado, mejorando el aislamiento bacteriano y el tiempo requerido y representa una buena herramienta para la automatización de laboratorios.

Avaliação do desempenho analítico do coagulômetro automatizado Sysmex® Ca-1500: experiência do Hospital de Clínicas da UFPR / Performance evaluation of the Automated Coagulation Analyzer Sysmex® Ca-1500: experience of the Hospital de Clínicas of UFPR

O Sysmex® CA-1500 é um analisador automatizado de coagulação que detecta a formação de fibrina por princípio ótico.A avaliação do seu desempenho analítico foi realizada através de testes de precisão, reprodutibilidade, arraste e linearidade, além de ensaios para verificar a influência de fatores pré-analíticos como relação anticoagulante / sangue e hemólise nas determinações deTP, TTP, TT e fibrinogênio. Além disso, os resultados de TP e TTP foram correlacionados com os obtidos no coagulômetro ST4, Diagnostica STAGO, que utiliza o método eletromagnético para a detecção do coágulo de fibrina. Observou-se grande variação dosresultados sobre a influência da hemólise (TP: 0,91 a 2,33%; TTP: 1,37 a 6,54% e TT: 1,38 a 12,72%) e relação anticoagulante/sangue (TP: 1,39 a 659,3%; TTP: 2,93 a 275,2%, TT: 4,0 a 128% e fibrinogênio: 3,4 a 32,2%), quando comparados com amostras sem hemólise e com a relação anticoagulante /sangue de 1:9. A porcentagem de arraste foi (TP: 0,75%, TTP: 0,50% e fibrinogênio: 5,65%). Aprecisão intraensaio para TP, TTP, TT e fibrinogênio obteve CV < 3% para plasmas normais e patológicos, assim como a reprodutibilidade interensaios em plasma normal liofilizado e pool de plasmas de pacientes normais. As correlações para TP e TTP entre os doiscoagulômetros avaliados obteve valores de r ≥ 0,90. A linearidade foi boa até aproximadamente 650 mg/dL de fibrinogênio e obteve r = 0,981. Os resultados obtidos demonstraram que o CA-1500 realiza os testes de coagulação com desempenho analítico satisfatório.

The Sysmex® CA-1500 is an automated coagulation analyzer that detects the formation of fibrin clot by optical principle.The evaluation of its analytical performance was accomplished through tests of precision, reproducibility, linearity and carryover, as well as tests to check the influence of pre-analytical factors such as the anticoagulant / blood ratio and hemolysis on the determinations of PT, PTT, TT and fibrinogen. Moreover, the results of PT and PTT were correlated with those obtained in the ST4 coagulometer, Diagnostica Stago, using the eletromagnetic method for the detection of fibrin clot. We found great variation inresults under the influence of hemolysis (PT: 0,91 to 2,33%, PTT: 1,37 to 6,54% and TT: 1,38 to 12,72%) and anticoagulant / blood ratio (PT: 1,39 to 659,3%, PTT: 2,93 to 275,2%, TT: 4,0 to 128% and fibrinogen: 3,4 to 32,2%) compared with samples withouthemolysis and the ratio of 1:9 anticoagulant / blood. The percentage of carryover was (PT: 0,75%, PTT: 0,50% and fibrinogen: 5,65%). The intra-assay precision for PT, PTT, TT and Fibrinogen had CV < 3% for normal and abnormal plasmas, as well as interassayreproducibility in normal lyophilized plasma and normal pooled plasma. The correlations between TP and TTP on the two evaluated coagulometers obtained r values ≥ 0,90. The linearity was good up to about 650 mg/dl of fibrinogen and obtained r = 0,981. The results showed that CA-1500 perform coagulation tests with satisfactory analytical performance.